I v roce, ve kterém bylo celkové ekonomické prostředí negativně ovlivněno probíhající pandemií onemocnění COVID-19, tvořily největší část tohoto významného příspěvku do státního rozpočtu spotřební daně. Jen na dani z minerálních olejů vybrali celníci na jihu Čech bezmála 2,4 miliardy korun. Na dani z lihu a lihovin pak inkasovali více než 282 milionů korun a na dani z piva 264 milionů korun. Významný byl i výběr takzvané energetické či ekologické daně, tedy daně ze zemního plynu, pevných paliv a elektřiny ve výši 421 milionů korun.

Po projednání bezmála 14 tisíc jednotných správních dokladů v režimu dovoz, pak jihočeští celníci na clech za zboží, které je na území České republiky dováženo ze zemí mimo Evropskou unii, vybrali částku přesahující 91 milionů korun.

Úspěšný rok mají za sebou i pracovníci odboru Správy příjmů a vymáhání. Celkově v roce 2020 vybrali v rámci dělené správy na poplatcích a pokutách téměř 144 milionů korun a provedli více než 13 tisíc exekucí.

Pracovníkům Celního úřadu pro Jihočeský kraj se v roce 2020 podařilo vybrat bezmála tři a půl miliardy korun a zároveň úspěšně zvládnout zásadní organizační změny, které mimo jiné znamenaly zrušení územního pracoviště ve Strakonicích a s tím související snížení počtu systemizovaných míst. Celkově tak na každého z jihočeských celníků statisticky připadl výběr více než 15 milionů korun za rok.

V roce 2020 jihočeští celníci nejen vybírali cla a daně a prováděli běžné kontrolní činnosti, ale také se úspěšně zapojili do plnění úkolů souvisejících s bojem proti pandemii virové choroby COVID-19. V jarních měsících dokázali, zejména díky nadstandardnímu nasazení příslušníků z odboru Dohledu, zajistit úkoly související s realizací mimořádných opatření zaměřených na snížení rizika šíření nákazy koronavirem na místech určených k překračování hranic České republiky. Dobrovolníci z řad pracovníků Celního úřadu pro Jihočeský kraj se také aktivně zapojili do provádění epidemiologických šetření, obecně známých jako trasování.