Společnost EKOPUR soustřeďovala plastové pytle s infekčním odpadem ze zdravotnické péče a plastové "klinik boxy" s dalšími odpady na venkovních plochách v okolí zařízení, kde provádí jejich dekontaminaci. Některé pytle s odpady byly otevřené nebo potrhané a v jejich okolí se nacházely volně rozsypané infekční zdravotnické prostředky, skleněné a plastové ampule, injekční stříkačky a jehly či infuzní sety. Zařízení přebíralo v kontrolovaném období řádově stovky tun těchto odpadů. Provozovateli zařízení bylo dále vytknuto, že v rámci sterilizace odpadů ze zdravotnické péče zpracovával i směsi zdravotnických odpadů, pro které není povolené dekontaminační zařízení určeno. Některé odpady pocházely i z uzavřených "covidových" oddělení nemocnic a nutno zmínit, že byly volně přístupné dalším osobám, které se v areálu pohybovaly.

"V neprospěch firmy jsme vzali na zřetel zejména to, že se jednalo o nezákonné nakládání s infekčními odpady v době vrcholící pandemie COVID-19, a přestože byly pytle s odpady výrazně označeny nápisy COVID, firma je volně a nezabezpečeně vršila na hromadách na venkovních prostranstvích areálu," uvedl ředitel Oblastního inspektorátu Vladimír Jiráček a dodal, že v současné době probíhá na zařízení další šetření. Při stanovování výše pokuty pak hrála roli také skutečnost, že se nejednalo o první pochybení společnosti. V roce 2018 firmě inspekce uložila pokutu ve výši 80 tisíc korun a v roce 2021 dvou set tisícovou pokutu.

Firma se proti rozhodnutí inspekce odvolala k Ministerstvu životního prostředí s tím, že situace nastala výhradně z důvodu pandemie COVID-19 a s ní spojenou výraznou nadprodukcí odpadů. Další komplikace pak měly nastat v souvislosti s pravidelnou údržbou a opravou dekontaminační technologie, která byla mimo provoz cca 25 dní v prosinci 2020. Ministerstvo namítlo, že firma nebyla povinna odpady do zařízení přijímat a nastalou mimořádnou situaci mohla řešit s krajským úřadem. Pokutu 950 tisíc korun, uloženou inspekcí, pak ministerstvo snížilo na 900 tisíc korun. Rozhodnutí nabylo právní moci dne 7. 3. 2022.