Klíčový význam pro Jihočeský kraj má zejména modernizace železničního spojení Českých Budějovic s Prahou. V loňském roce začala přestavba úseku mezi Sudoměřicemi a Voticemi na hranicích tohoto kraje se sousedním Středočeským. Současný dosud jednokolejný úsek zde z velké části nahradí novostavba dvoukolejné trati, která umožní zvýšení rychlosti vlaků na 160 km/h. To přinese zkrácení jízdní doby expresů mezi Prahou a Táborem na jednu hodinu. Nejdůležitějšími stavbami jsou dva tunely (Deboreč a Mezno), zrušenou zastávku nahradí železniční stanice Červený Újezd. Stavební práce skončí v roce 2022 a přijdou na 7,1 miliardy korun.

Modernizace předposledního úseku uvedeného koridoru mezi Soběslaví a Doubím začala v září 2019 a ukončení se předpokládá v dubnu 2023. Za 4,3 miliardy korun se zde rovněž postaví téměř v celém úseku nová trať vedená převážně v souběhu s dálnicí D3. To umožní zvýšení traťové rychlosti na 160 km/h, výhledově až na 200 km/h. Přidání druhé koleje přinese zvýšení kapacity a odpadne také nutné křižování vlaků v Soběslavi a Roudné.

Pokud jde o opravy výpravních budov, probíhá momentálně za 52 milionů korun rekonstrukce výpravní budovy ve Strakonicích. V rámci realizace projektu dojde ke kompletní opravě objektu, kdy se kromě všech vnitřních instalací nutných pro bezpečný provoz nádraží inovuje také krov a vymění střešní krytina. Pro cestující vznikne bezbariérově přístupná, prostorná a moderní odbavovací a čekárenská hala, prodejní prostory s novinami a s občerstvením, pokladny dopravců a v neposlední řadě nové sociální zázemí s bezbariérovými toaletami. Výpravní budova je součástí přestupního terminálu, bude tedy sloužit cestujícím z vlaků i autobusů.

V květnu příštího roku má začít rekonstrukce výpravní budovy na hlavním českobudějovickém nádraží, která potrvá zhruba 2,5 roku a bude stát 580 milionů korun. Půjde o kompletní rekonstrukci památkově chráněného objektu, opraví se celá výpravní budova včetně navazujících přízemních křídel pod 1. nástupištěm, konkrétně fasáda, střecha, interiéry. Nový přístup do budovy bude směrem k Lannově třídě a bude navazovat na modernizované zázemí pro cestující i komerční prostory. Současně s rekonstrukcí výpravní budovy proběhne revitalizace přilehlých venkovních prostranství, kde vznikne parkoviště pro imobilní občany, prostor pro zásobování a cyklověž.

Během příštího roku začnou i opravy dalších výpravních budov na jihočeských nádražích, konkrétně ve Veselí nad Lužnicí, Písku či Táboře. V Písku se ještě letos otevře nová zastávka Písek-jih, která zatraktivní cestování vlakem obyvatelům části tohoto jihočeského města.