Ve směru od Českého Krumlova na České Budějovice bude veškerý provoz veden ve zbývajícím jízdním pruhu silnice I/39. Ve směru od Českých Budějovic na Český Krumlov pak bude provoz veden po následující objízdné trase: na křižovatce I/39 x I/3 bude pokračovat po silnici I/3 až na křižovatku I/3 x II/155. Dále po silnici II/155, kde se na křižovatce II/155 x I/39 napojí na původní trasu.

Autobusová linková doprava a složky IZS budou projíždět uzavřeným úsekem bez omezení a jejich provoz bude řízen kyvadlově řádně označenými a proškolenými pracovníky (mimo pracovní dobu jim bude umožněn obousměrný provoz). Na autobusových zastávkách v daném úseku zůstane provoz pro cestující nepřerušen.